پیتر پارکر در حال سپری کردن زندگی معمولی خود در نیویورک است تا اینکه یک شرکت مرموز به نام "آسکورپ" تصمیم می‌گیرد افرادی را با قدرت‌های باورنکردنی از جمله الکترو برای مقابله با مرد عنکبوتی بفرستد...
داستان فیلم در مورد پسر جوانی به نام پیتر پارکر است که پس از گزیده شدن توسط یک عنکبوت جهش یافته، به قدرت‌های شگفت انگیز و عنکبوت مانندی دست پیدا می‌کند. این اتفاق مسیر زندگی او را برای همیشه تغییر می‌دهد و حالا او به ابرقهرمان شهرش تبدیل شده که همه او را با نام "مرد عنکبوتی شگفت انگیز" می‌شناسند. پیتر بزودی خود را در میان یک تهدید و دسیسه‌ای بزرگ می‌بیند که باید با یک خزنده بسیار خطرناک مبارزه کند...
پیتر پارکر به‌عنوان مرد عنکبوتی شهر نیویورک در تلاش است تا جلوی فروش سلاح‌های ساخته شده با فناوری پیشرفته چیتاوری توسط آدرین «کرکس» تومز را بگیرد، درحالی‌که سعی می‌کند زندگی خود را در نقش یک دانش‌آموز عادی دبیرستانی متعادل نگه دارد...
پیتر پارکر با بازی تام هالند (Tom Holland)، ابرقهرمان محبوب نیویورک به همراه دوستان خود به تعطیلات تابستانی در اروپا رفته‌اند که در آنجا با تهدیدی جدید و متفاوت مواجه می‌شوند؛ چهار هیولای مرگبار به رهبری میستریو (Mysterio) که قصد نابودی مرد عنکبوتی و همه چیز را دارند. مرد عنکبوتی سعی می‌کند راهی برای از بین این تهدید و خطر بزرگ پیدا کند و از همین رو، او از نیک فیوری (Nick Fury) درخواست کمک می‌کند تا با همکاری یکدیگر به نجات مردم شهرشان بپردازند...
با آشکار شدن هویت پیتر پارکر به عنوان مرد عنکبوتی با بازی تام هالند (Tom Holland)، شهرت و زندگی پارکر زیر و رو می‌شود. او از دکتر استرنج طلب کمک می‌کند تا از طریق جادو به بازگرداندن هویت مخفی‌اش کمک کند اما این‌کار عواقب غیرمنتظره‌ای داشته و باعث ورود دشمنان خطرناکی از دنیاهای دیگر می‌شود...
زمانی‌که دختر رویاهای نیت (Nate) با بازی جک کواید (Jack Quaid) توسط تبهکاران دزدیده می‌شود، او بی‌محابا سوار ماشین پلیس شده و به سراغ نامزدش می‌رود. نیت به خاطر بیماری عدم حساسیت مادرزادی به درد (CIPA)، هیچ دردی را احساس نمی‌کند و او از این وضعیت نادر خود به عنوان یک مزیت غیرمنتظره برای نجات نامزدش استفاده می‌کند...
داستان فیلم حول محور یک سرباز ویژه می‌چرخد که با استفاده از قانون ایستادگی در برابر تهدید (Stand Your Ground) سعی در انتقام‌جویی از قاتلان خانواده‌اش دارد. این قانون به افراد اجازه می‌دهد تا در صورت تعرض به خود یا عزیزانشان، در دفاع از خود اقدام کنند و نیازی به فرار ندارند.
داستان این فیلم در آینده نزدیک رخ می دهد و دو زندانی را دنبال می کند که به یک عمر کار سخت در یک سیاره دوردست محکوم شده اند. همانطور که همه چیز از بین می رود، آنها شروع به از دست دادن احساسات می کنند که چه کسی هستند و زندگی گذشته اشان چگونه بود.
