پیتر پارکر در حال سپری کردن زندگی معمولی خود در نیویورک است تا اینکه یک شرکت مرموز به نام "آسکورپ" تصمیم می‌گیرد افرادی را با قدرت‌های باورنکردنی از جمله الکترو برای مقابله با مرد عنکبوتی بفرستد...
داستان فیلم در مورد پسر جوانی به نام پیتر پارکر است که پس از گزیده شدن توسط یک عنکبوت جهش یافته، به قدرت‌های شگفت انگیز و عنکبوت مانندی دست پیدا می‌کند. این اتفاق مسیر زندگی او را برای همیشه تغییر می‌دهد و حالا او به ابرقهرمان شهرش تبدیل شده که همه او را با نام "مرد عنکبوتی شگفت انگیز" می‌شناسند. پیتر بزودی خود را در میان یک تهدید و دسیسه‌ای بزرگ می‌بیند که باید با یک خزنده بسیار خطرناک مبارزه کند...
پیتر پارکر به‌عنوان مرد عنکبوتی شهر نیویورک در تلاش است تا جلوی فروش سلاح‌های ساخته شده با فناوری پیشرفته چیتاوری توسط آدرین «کرکس» تومز را بگیرد، درحالی‌که سعی می‌کند زندگی خود را در نقش یک دانش‌آموز عادی دبیرستانی متعادل نگه دارد...
پیتر پارکر با بازی تام هالند (Tom Holland)، ابرقهرمان محبوب نیویورک به همراه دوستان خود به تعطیلات تابستانی در اروپا رفته‌اند که در آنجا با تهدیدی جدید و متفاوت مواجه می‌شوند؛ چهار هیولای مرگبار به رهبری میستریو (Mysterio) که قصد نابودی مرد عنکبوتی و همه چیز را دارند. مرد عنکبوتی سعی می‌کند راهی برای از بین این تهدید و خطر بزرگ پیدا کند و از همین رو، او از نیک فیوری (Nick Fury) درخواست کمک می‌کند تا با همکاری یکدیگر به نجات مردم شهرشان بپردازند...
در شهری که فساد در تار و پود آن نفوذ کرده است، کارآگاهی زخم‌خورده به نام واکر، درگیر مأموریتی پیچیده می‌شود. پس از یک معامله ناموفق مواد مخدر، واکر مأموریت می‌یابد تا فرزند یک سیاستمدار برجسته را از چنگال جنایتکاران نجات دهد. در مسیر این مأموریت، او با شبکه‌ای تاریک از توطئه‌ها و فسادهایی مواجه می‌شود که دنیای زیرزمینی و ساختارهای قدرت شهر را در بر می‌گیرد. او باید در برابر مافیایی بی‌رحم که کنترل کامل خیابان‌ها را در دست دارد، ایستادگی کند و در عین حال، از حقیقتی که پشت این آدم‌ربایی نهفته است پرده بردارد. هر سرنخی که پیدا می‌کند، او را بیشتر در گردابی از خیانت، خشونت و بی‌اعتمادی فرو می‌برد. در این مسیر پرخطر، واکر با شخصیت‌های متعددی روبه‌رو می‌شود؛ از جمله فردی که در سیستم قضایی نفوذ دارد و الی، زنی اسرارآمیز، که به نظر می‌رسد بیشتر از آنچه نشان می‌دهد، در این ماجرا درگیر است. در طول مسیر، او باید با قاتلان حرفه‌ای، مأموران فاسد و نیروهای مخفی که اهداف پنهانی خود را دنبال می‌کنند، مقابله کند. درگیری‌های خیابانی به مبارزاتی در محیط‌های تنگ و تاریک منتهی می‌شوند، جایی که واکر باید با مهارت‌های مبارزه تن‌به‌تن خود زنده بماند.
با آشکار شدن هویت پیتر پارکر به عنوان مرد عنکبوتی با بازی تام هالند (Tom Holland)، شهرت و زندگی پارکر زیر و رو می‌شود. او از دکتر استرنج طلب کمک می‌کند تا از طریق جادو به بازگرداندن هویت مخفی‌اش کمک کند اما این‌کار عواقب غیرمنتظره‌ای داشته و باعث ورود دشمنان خطرناکی از دنیاهای دیگر می‌شود...
زمانی‌که دختر رویاهای نیت (Nate) با بازی جک کواید (Jack Quaid) توسط تبهکاران دزدیده می‌شود، او بی‌محابا سوار ماشین پلیس شده و به سراغ نامزدش می‌رود. نیت به خاطر بیماری عدم حساسیت مادرزادی به درد (CIPA)، هیچ دردی را احساس نمی‌کند و او از این وضعیت نادر خود به عنوان یک مزیت غیرمنتظره برای نجات نامزدش استفاده می‌کند...
داستان فیلم حول محور یک سرباز ویژه می‌چرخد که با استفاده از قانون ایستادگی در برابر تهدید (Stand Your Ground) سعی در انتقام‌جویی از قاتلان خانواده‌اش دارد. این قانون به افراد اجازه می‌دهد تا در صورت تعرض به خود یا عزیزانشان، در دفاع از خود اقدام کنند و نیازی به فرار ندارند.
